Identification of Endogenous Control miRNAs for RT-qPCR in T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia.
PBN-AR
Instytucja
Instytut Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
angielski
Czasopismo
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES (30pkt w roku publikacji)
ISSN
1422-0067
EISSN
Wydawca
MDPI AG
DOI
URL
Rok publikacji
2018
Numer zeszytu
10
Strony od-do
e2858 (17 stron)
Numer tomu
19
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
2
Słowa kluczowe
angielski
miRNA (microRNA)
T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL)
normalization of miRNA expression in RT-qPCR
endogenous controls
reference genes
tissue analysis
cell lines
Open access
Tryb otwartego dostępu
Otwarte czasopismo
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa-Na tych samych warunkach
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Po publikacji
Ilość miesięcy od publikacji
0
Streszczenia
Język
angielski
Treść
Optimal endogenous controls enable reliable normalization of microRNA (miRNA) expression in reverse-transcription quantitative PCR (RT-qPCR). This is particularly important when miRNAs are considered as candidate diagnostic or prognostic biomarkers. Universal endogenous controls are lacking, thus candidate normalizers must be evaluated individually for each experiment. Here we present a strategy that we applied to the identification of optimal control miRNAs for RT-qPCR profiling of miRNA expression in T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) and in normal cells of T-lineage. First, using NormFinder for an iterative analysis of miRNA stability in our miRNA-seq data, we established the number of control miRNAs to be used in RT-qPCR. Then, we identified optimal control miRNAs by a comprehensive analysis of miRNA stability in miRNA-seq data and in RT-qPCR by analysis of RT-qPCR amplification efficiency and expression across a variety of T-lineage samples and T-ALL cell line culture conditions. We then showed the utility of the combination of three miRNAs as endogenous normalizers (hsa-miR-16-5p, hsa-miR-25-3p, and hsa-let-7a-5p). These miRNAs might serve as first-line candidate endogenous controls for RT-qPCR analysis of miRNAs in different types of T-lineage samples: T-ALL patient samples, T-ALL cell lines, normal immature thymocytes, and mature T-lymphocytes. The strategy we present is universal and can be transferred to other RT-qPCR experiments.
Cechy publikacji
oryginalna
Inne
System-identifier
PX-5ba4d3b5d5de70a10b3dc7c0
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych