The genome of the vervet (Chlorocebus aethiops sabaeus)
PBN-AR
Instytucja
Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk
Informacje podstawowe
Główny język publikacji
en
Czasopismo
Genome Research
ISSN
1088-9051
EISSN
1549-5469
Wydawca
COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPT
DOI
URL
Rok publikacji
2015
Numer zeszytu
12
Strony od-do
1921-1933
Numer tomu
25
Identyfikator DOI
Liczba arkuszy
Autorzy
(liczba autorów: 58)
Pozostali autorzy
+ 57
Słowa kluczowe
en
AFRICAN-GREEN MONKEYS
MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX
SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS
COPY NUMBER VARIATION
GENETIC DIVERSITY
ANALYSIS TOOLKIT
PRIMATE
MACAQUE
EVOLUTIONARY
MAP
Open access
Tryb otwartego dostępu
Inne
Wersja tekstu w otwartym dostępie
Wersja opublikowana
Licencja otwartego dostępu
Creative Commons — Uznanie autorstwa-Niekomercyjne
Czas opublikowania w otwartym dostępie
Przed publikacją
Streszczenia
Język
en
Treść
We describe a genome reference of the African green monkey or vervet (Chlorocebus aethiops). This member of the Old World monkey (OWM) superfamily is uniquely valuable for genetic investigations of simian immunodeficiency virus (Sly), for which it is the most abundant natural host species, and of a wide range of health-related phenotypes assessed in Caribbean vervets (C. a. sabaeus), whose numbers have expanded dramatically since Europeans introduced small numbers of their ancestors from West Africa during the colonial era. We use the reference to characterize the genomic relationship between vervets and other primates, the intra-generic phylogeny of vervet subspecies, and genome-wide structural variations of a pedigreed C.a. sabaeuspopulation. Through comparative analyses with human and rhesus macaque, we characterize at high resolution the unique chromosomal fission events that differentiate the vervets and their close relatives from most other catarrhine primates, in whom karyotype is highly conserved. We also provide a summary of transposable elements and contrast these with the rhesus macaque and human. Analysis of sequenced genomes representing each of the main vervet subspecies supports previously hypothesized relationships between these populations, which range across most of sub-Saharan Africa, while uncovering high levels of genetic diversity within each. Sequence-based analyses of major histocompatibility complex alFig polymorphisms reveal extremely low diversity in Caribbean C.a. sabaeusvervets, compared to vervets from putatively ancestral West African regions. In the C.a. sabaeus research population, we discover the first structural variations that are, in some cases, predicted to have a deleterious effect; future studies will determine the phenotypic impact of these variations.
Cechy publikacji
ORIGINAL_ARTICLE
Inne
System-identifier
685693
CrossrefMetadata from Crossref logo
Cytowania
Liczba prac cytujących tę pracę
Brak danych
Referencje
Liczba prac cytowanych przez tę pracę
Brak danych